Estudios genómicos, en Concordia.

Analiza todas las regiones codificantes del genoma para buscar la causa genética de un cuadro clínico.

Secuencia 37,5 Mb de regiones codificantes curadas a partir de bases como RefSeq, CCDS, ACMG, COSMIC y OMIM, con cobertura reforzada de las variantes patogénicas ya reportadas en ClinVar. El análisis no se hace a ciegas: se orienta con los términos HPO que describen el fenotipo del paciente y puede dirigirse a un panel de genes específico. Si más adelante hace falta revisar otros genes que no se pidieron al inicio, puede hacerse una apertura bioinformática sobre los mismos datos, sin volver a tomar muestra.

Indicación: Sospecha de enfermedad poco frecuente de origen mendeliano, con gran heterogeneidad genética, solapamiento de fenotipos y/o fenotipos inespecíficos.

NGS · Illumina Exome 2.5 (37,5 Mb) · análisis orientado por HPO

El servicio informa las variantes de significado incierto (VUS) que aparezcan, con seguimiento bibliográfico. Un resultado sin hallazgos no descarta por completo una causa genética.

Estudia al paciente junto con ambos padres para mejorar el rendimiento del análisis.

Es el mismo exoma, pero secuenciando también a los progenitores. Comparar las tres muestras permite distinguir si una variante apareció de novo en el paciente o fue heredada, y descartar rápido las variantes que los padres también tienen y que no explican el cuadro. Es la estrategia que más aporta cuando el exoma individual deja un resultado ambiguo.

Indicación: Casos en los que se busca mejorar el rinde diagnóstico incorporando a los padres del paciente.

NGS · exoma del paciente y de ambos progenitores

Requiere coordinar la extracción de las tres personas. La participación de cada integrante se define con el profesional antes de tomar las muestras.

Busca la causa genética de miocardiopatías, canalopatías, arritmias y muerte súbita en personas jóvenes.

CIBIC curó paneles de genes para cada patología cardíaca siguiendo recomendaciones internacionales, pero los resuelve secuenciando el exoma completo: se analiza todo y se prioriza el panel que corresponde, lo que permite ampliar la búsqueda después sin repetir el estudio. El resultado ayuda al cardiólogo a estratificar al paciente, personalizar el seguimiento e identificar familiares en riesgo antes de que aparezcan síntomas. El portfolio suma dos estudios dirigidos: grandes deleciones o duplicaciones del gen DMD por MLPA, asociadas a la miocardiopatía dilatada ligada al cromosoma X, y la expansión GAA del gen FXN por TP-PCR, causa de la miocardiopatía hipertrófica en la ataxia de Friedreich.

Indicación: Sospecha clínica o familiar de cardiopatía hereditaria: miocardiopatías, canalopatías, arritmias, muerte súbita en jóvenes o síndromes del tejido conectivo con compromiso cardiovascular.

Exoma completo por NGS dirigido por paneles curados · MLPA y TP-PCR en estudios dirigidos

El listado de genes de cada panel lo define CIBIC y conviene confirmarlo al solicitar el estudio.

Detecta pérdidas o ganancias de material genético a lo largo de todo el genoma.

Usa sondas de SNPs distribuidas uniformemente sobre la plataforma iScan de Illumina y alcanza una resolución promedio de unas 150 kb, que baja a unas 65 kb en las regiones donde se ubican genes ya asociados a fenotipos conocidos. Es decir: ve alteraciones bastante más chicas que las que muestra un cariotipo. Está recomendado como estudio de primera línea cuando el fenotipo no evoca un síndrome reconocible.

Indicación: Fenotipos inespecíficos que no evocan un síndrome conocido, en general con discapacidad intelectual, trastorno del espectro autista y/o malformaciones congénitas. También para confirmar hallazgos de cariotipo y determinar el origen de cromosomas marcadores.

Microarray de hibridación genómica con sondas SNP · plataforma iScan de Illumina

Detecta variaciones en el número de copias (CNVs). No detecta variantes puntuales ni reordenamientos balanceados.

Analiza el ADN de la mitocondria cuando se sospecha que es el origen de la enfermedad.

Cubre los 16.659 pares de bases del cromosoma mitocondrial y sus 37 genes, e informa variantes a partir del 10% de heteroplasmia: detecta la alteración aunque esté presente solo en una fracción de las mitocondrias de la célula. Se solicita como complemento del exoma completo, no de forma aislada.

Indicación: Compromiso neuromuscular o respiratorio y sospecha de participación mitocondrial en el desarrollo de la enfermedad.

NGS del ADN mitocondrial (chrM) · en combinación con exoma completo

Se informan variantes a partir del 10% de heteroplasmia; por debajo de ese umbral la variante puede no reportarse.

Observa los cromosomas completos para evaluar su número, forma y tamaño.

Se realiza sobre células en división teñidas con bandeo G y tiene una resolución de entre 5 y 10 megabases; la variante de alta resolución muestra más bandas y permite evaluar microarreglos de más de 4 a 5 Mb. CIBIC lo ofrece sobre sangre periférica, médula ósea, líquido amniótico y vellosidades coriales, según la situación clínica.

Indicación: Evaluación de alteraciones cromosómicas numéricas y estructurales; estudio prenatal invasivo; caracterización de neoplasias hematológicas en médula ósea.

Bandeo G / análisis citogenético · sangre, médula ósea, líquido amniótico o vellosidades coriales

Su resolución se mide en megabases: las alteraciones submicroscópicas requieren microarray o FISH.

Marca regiones específicas del ADN con sondas fluorescentes para verlas al microscopio.

Tiene más sensibilidad que el cariotipo convencional: identifica regiones de hasta unas 150 kb. Se usa para ver microarreglos que el bandeo de rutina no detecta, para determinar qué genes quedan involucrados en los puntos de corte de una traslocación, microdeleción o microduplicación, y para confirmar mosaicos bajos detectados antes por citogenética convencional.

Indicación: Confirmación de microdeleciones, microduplicaciones y traslocaciones; verificación de mosaicos bajos.

Hibridación in situ fluorescente sobre cromosomas en interfase o metafase

Analiza solamente las regiones para las que se usa sonda: no es un barrido del genoma completo.

Analizan un gen o una región puntual, en lugar de barrer todo el genoma.

La secuenciación Sanger permite estudiar un solo gen, algunos exones o una región concreta, confirmar una variante hallada por NGS y hacer estudios familiares de segregación. El MLPA detecta deleciones y duplicaciones que no se ven por cariotipo, FISH ni Sanger, y su variante MS-MLPA evalúa perfiles de metilación como los de Prader Willi/Angelman o Beckwith Wiedemann/Russell Silver. La TP-PCR detecta expansiones de tripletes, como en la enfermedad de Huntington, la distrofia miotónica o la ataxia de Friedreich. Y la PCR alelo específica busca variantes puntuales frecuentes en ciertas poblaciones, como la F508del del gen CFTR en fibrosis quística.

Indicación: Confirmación de variantes detectadas por NGS, estudio familiar de segregación, análisis dirigido a un gen conocido y detección de expansiones o alteraciones de metilación.

Secuenciación Sanger · MLPA y MS-MLPA · TP-PCR · PCR alelo específica fluorescente

Cada determinación se solicita para un gen o una región puntual; el listado vigente se confirma al pedir el estudio.

Estudio de sangre materna que evalúa el riesgo de las alteraciones cromosómicas más frecuentes.

Analiza el ADN libre (cfDNA) que circula en la sangre de la madre y que proviene principalmente de la placenta. Puede hacerse desde la semana 9, cuando la fracción fetal ya es suficiente: esa fracción debe superar el 3% para que el resultado sea válido. Detecta las trisomías 21, 18 y 13, las aneuploidías de los cromosomas sexuales —Turner, Triple X, Klinefelter y Jacobs— y, si la paciente lo decide, informa el sexo fetal.

Indicación: Recomendado para todas las personas gestantes independientemente de la edad, y en particular ante embarazo gemelar, ovodonación o fertilización in vitro, edad materna avanzada, screening combinado de riesgo intermedio-alto, anomalías ecográficas o abortos recurrentes.

Secuenciación NGS de ADN libre circulante (cfDNA) en sangre materna

Es una prueba de tamizaje, no un diagnóstico: un resultado de alto riesgo requiere confirmación. Para trisomía 21 CIBIC informa una sensibilidad del 99,7% (IC 95% 99,1-99,9) y una especificidad del 99,96%; el valor predictivo positivo depende fuertemente de la edad materna.

Amplía el NIPT básico a más cromosomas y a un grupo de microdeleciones conocidas.

Incluye todo lo del test básico y suma las aneuploidías de los cromosomas 7, 9, 14, 15, 16 y 22 —asociadas a retraso de crecimiento intrauterino y a pérdida del embarazo en el primer trimestre—, las aneuploidías del resto de los cromosomas, y microdeleciones o microduplicaciones patogénicas: pérdidas y ganancias de más de 10 Mb en todo el genoma, más deleciones menores en regiones seleccionadas asociadas a los síndromes de DiGeorge, Prader Willi/Angelman, Jacobsen, Langer-Giedion, Cri-du-chat, Wolf-Hirschhorn y deleción 1p36.

Indicación: Embarazos con presencia de hallazgos clínicos de sospecha.

Secuenciación NGS de cfDNA · alcance ampliado a microdeleciones

También es tamizaje. Las métricas de sensibilidad y especificidad publicadas por CIBIC corresponden a trisomías 21, 18, 13 y monosomía X: no cubren las microdeleciones.

Buscan causas cromosómicas detrás de una pérdida gestacional.

Más de la mitad de los abortos espontáneos tempranos tienen una anomalía cromosómica detrás, y en el 96% de esos casos se trata de una alteración numérica. Hay dos caminos posibles: el test prenatal no invasivo aplicado a gesta detenida, que requiere que el embarazo haya superado las 7 semanas y que la muestra materna se tome dentro de las 2 a 3 semanas posteriores a la pérdida; o el estudio por QF-PCR sobre material de aborto, que amplifica marcadores de los cromosomas 13, 15, 16, 18, 21, 22, X e Y y detecta trisomías y monosomías comparando la proporción de alelos.

Indicación: Estudio de causa tras una pérdida gestacional; la elección del método depende del tiempo transcurrido y del material disponible.

NIPT por NGS sobre sangre materna · o QF-PCR sobre material de aborto

Las ventanas de tiempo son estrictas. Consultá antes de recolectar o trasladar material.

Identifican si una persona es portadora de variantes asociadas a enfermedades recesivas graves.

Se hace antes o durante el embarazo y la lógica es de pareja: si ambos son portadores de una variante patogénica en el mismo gen, aumenta el riesgo de tener un hijo afectado, y eso abre opciones como el diagnóstico genético preimplantacional. CIBIC seleccionó genes con alta frecuencia de portadores en la población y responsables de enfermedades graves de aparición temprana: fibrosis quística (CFTR, 1 en 27,8), atrofia muscular espinal (SMN1, 1 en 57), X-frágil (FMR1, 1 en 130-250 mujeres) y Duchenne/Becker (DMD, 1 en 1046 mujeres). Hay dos paneles femeninos —uno con fibrosis quística, X-frágil y AME, y otro que además incluye DMD/B— y uno masculino con fibrosis quística y AME.

Indicación: Evaluación de riesgo genético reproductivo, antes o durante el embarazo.

Análisis de fragmentos - MLPA

Analiza los genes incluidos en el panel: no descarta todas las enfermedades recesivas.

Busca variantes heredadas que aumentan la susceptibilidad a desarrollar ciertos cánceres.

Analiza paneles de genes con tecnología Illumina TruSight Hereditary Cancer, cubriendo las regiones exónicas y las zonas intrónicas adyacentes (±10 pares de bases). Detecta variantes puntuales, pequeñas inserciones y deleciones, y hace screening de variaciones en el número de copias, que luego pueden confirmarse por MLPA. Incluye los síndromes de cáncer gastrointestinal hereditario, como el síndrome de Lynch, la poliposis adenomatosa familiar y los síndromes de cáncer gástrico y de páncreas hereditarios. Un resultado positivo habilita asesoramiento genético-oncológico familiar y planes de vigilancia para los familiares en riesgo.

Indicación: Historia personal y/o familiar sugestiva de cáncer hereditario que cumple los criterios establecidos por las guías vigentes.

NGS · Illumina TruSight Hereditary Cancer · Sanger y MLPA según la determinación

Tener una variante de susceptibilidad no es un diagnóstico de cáncer. El servicio informa las variantes de significado incierto (VUS) que aparezcan.

Busca variantes accionables en un tumor de pulmón para orientar la elección del tratamiento.

Es un panel de 11 genes resuelto por PCR en tiempo real, pensado para el cáncer de pulmón de células no pequeñas. CIBIC lo destaca por la rapidez del resultado frente a un perfilado genómico integral, que es justamente lo que importa cuando hay que decidir una terapia dirigida sin demora.

Indicación: Cáncer de pulmón de células no pequeñas, según evaluación oncológica.

Panel de 11 genes · PCR en tiempo real

Analiza los 11 genes del panel; un perfilado más amplio requiere un estudio de perfilado genómico integral.

Perfilado genómico integral de un tumor sólido a partir de tejido.

Analiza más de 300 genes en ADN extraído de tejido tumoral en parafina: variantes puntuales, inserciones, deleciones, variaciones en el número de copias y reordenamientos seleccionados. Además informa tres firmas genómicas que orientan decisiones terapéuticas: inestabilidad de microsatélites (MSI), carga mutacional tumoral (TMB) y deficiencia en recombinación homóloga (HRD). Está pensado como diagnóstico complementario para identificar pacientes que pueden beneficiarse de terapias dirigidas ya aprobadas.

Indicación: Tumores sólidos: pulmón no microcítico, melanoma, mama, colorrectal, próstata, ovario, colangiocarcinoma y otros.

Perfilado genómico integral · más de 300 genes · MSI, TMB y HRD

Requiere tejido tumoral en parafina de calidad suficiente. CIBIC es distribuidor oficial de FoundationOne en Argentina.

Perfilado genómico del tumor a partir de una muestra de sangre, sin biopsia.

Analiza el ADN circulante libre de células (cfADN) aislado del plasma y cubre más de 300 genes: variantes puntuales, inserciones, deleciones, reordenamientos y cambios en el número de copias. Informa carga mutacional en sangre (bTMB), inestabilidad de microsatélites alta (MSI-H) y fracción tumoral. Es la alternativa cuando no se puede obtener tejido adecuado —falta de material, pacientes frágiles, tumores inaccesibles o riesgo alto para una biopsia invasiva— y también sirve para evaluar progresión de la enfermedad y resistencia al tratamiento.

Indicación: Tumores sólidos —pulmón no microcítico, próstata, ovario y mama— cuando no hay tejido adecuado o la biopsia presenta riesgo, y para evaluar progresión o resistencia.

Perfilado genómico sobre cfADN de plasma · más de 300 genes

Depende de que el tumor libere suficiente ADN a la circulación: un resultado negativo no descarta alteraciones presentes en el tejido.

Perfilado genómico que combina ADN y ARN, orientado a neoplasias hematológicas.

Secuencia más de 400 genes en ADN y más de 250 en ARN. Esa combinación lo vuelve especialmente bueno para detectar fusiones génicas, difíciles de ver analizando solo ADN. Informa también carga mutacional tumoral (TMB), inestabilidad de microsatélites (MSI) y la frecuencia alélica de cada variante (VAF%), un dato que ayuda a interpretar el peso clínico del hallazgo. Se usa para diagnóstico, pronóstico, selección de terapias dirigidas e identificación de oportunidades de enrolamiento en ensayos clínicos.

Indicación: Neoplasias hematológicas —LMC, LMA, LLA, síndrome mielodisplásico, neoplasias mieloproliferativas—, sarcomas o tumores sólidos en los que se requiere secuenciación de ARN.

Secuenciación de ADN (más de 400 genes) y ARN (más de 250 genes) · informa VAF%

Requiere tejido tumoral en parafina. CIBIC es distribuidor de Foundation Medicine en Argentina.

Caracteriza genéticamente las neoplasias mieloides analizando ADN y ARN en simultáneo.

Utiliza la plataforma SOPHiA GENETICS Myeloid Plus Solution. En ADN analiza variantes puntuales, pequeñas inserciones y deleciones y variaciones en el número de copias sobre 30 genes; en ARN detecta más de 119 fusiones asociadas a los reordenamientos cromosómicos frecuentes en estas patologías. Los resultados alimentan el diagnóstico, la clasificación, el pronóstico y la elección de terapias dirigidas.

Indicación: Síndrome mielodisplásico, neoplasia mieloproliferativa, leucemia mieloide aguda y síndrome mieloide crónico, entre otras.

NGS · SOPHiA GENETICS Myeloid Plus · 30 genes en ADN y más de 119 fusiones en ARN

El detalle de los genes incluidos lo define CIBIC y puede confirmarlo al solicitar el estudio.

Caracteriza neoplasias linfoides de células B analizando genes y rearreglos del locus IGH.

Sobre una única muestra combina dos cosas que antes requerían metodologías separadas: el análisis de variantes puntuales e indels en 23 genes y el estudio de los rearreglos del locus IGH. Permite detectar deleciones de pronóstico adverso como la del(11q), que afecta al gen ATM, y la del(17p), asociada a TP53, e identifica variantes en genes clave como NOTCH1, SF3B1, MYD88, NFKBIE, POT1 y XPO1. El análisis del IGH aporta además información sobre la clonalidad de los linfocitos B y el estado mutacional.

Indicación: Leucemia linfocítica crónica y otras neoplasias linfoides de células B.

NGS · 23 genes + rearreglos del locus IGH

El detalle de los genes incluidos lo define CIBIC y conviene confirmarlo al solicitar el estudio.

Determina qué proporción de las células del paciente provienen del donante después de un trasplante.

Antes del trasplante se obtienen los perfiles genéticos del receptor y del donante mediante microsatélites (STRs), regiones muy variables entre personas, y se identifican los alelos exclusivos de cada uno. Después del trasplante se cuantifica la proporción de alelos de cada origen en las muestras del receptor. La reaparición de alelos del receptor —quimerismo mixto o caída del quimerismo del donante— puede ser una señal temprana de recaída de la enfermedad original o de rechazo del injerto.

Indicación: Monitoreo de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas en leucemias linfoides, leucemias mieloides y mieloma múltiple.

Análisis de fragmentos sobre microsatélites (STRs) · screening pre-trasplante y seguimiento

El screening previo requiere muestra del donante y del receptor.

Explora la composición bacteriana del intestino y la compara con una referencia argentina.

Se secuencia el ADN bacteriano extraído de una muestra de materia fecal, mediante secuenciación completa del genoma a baja cobertura en plataforma Illumina NextSeq. El perfil obtenido se compara contra una base de datos propia de Héritas construida con alrededor de 150 adultos de Rosario, Paraná, Rafaela y Venado Tuerto: es decir, contra una población de referencia local y no importada. El informe describe el enterotipo —dominado por Firmicutes, Bacteroides o Prevotella, cada uno asociado a un patrón de dieta—, la diversidad, la relación Firmicutes/Bacteroidetes vinculada a desórdenes metabólicos, la producción de ácidos grasos de cadena corta y reportes de salud intestinal como dolor abdominal, hinchazón, constipación y daño de la mucosa.

Indicación: Consulta en gastroenterología o nutrición, interpretado junto con dieta, hábitos y estilo de vida.

Secuenciación de baja cobertura del genoma completo · Illumina NextSeq, química 2×148 ciclos

CIBIC lo define explícitamente como exploratorio: no constituye un estudio de diagnóstico médico y sus resultados son de carácter informativo, a evaluar por personal calificado.

Programa de seguimiento que observa cómo cambia el microbioma a lo largo del tiempo.

Está pensado como monitoreo más que como estudio puntual: evalúa los cambios del microbioma para que la persona pueda ajustar hábitos y ver el efecto. El informe cubre diversidad microbiana, estado de la mucosa intestinal, producción de moléculas antiinflamatorias y producción de trimetilamina, una molécula generada por el microbioma y asociada al riesgo de enfermedad cardiovascular.

Indicación: Bienestar y nutrición, con un seguimiento definido junto a un profesional.

Programa Rewell de microbioma · seguimiento con kit

No constituye un estudio de diagnóstico médico.

Analiza variantes genéticas frecuentes para estimar predisposiciones y rasgos personales.

A partir de una muestra de sangre informa el score de riesgo poligénico (PRS) para enfermedad coronaria, junto con predisposición a enfermedades cardiovasculares, cáncer de mama y de próstata, alergias e intolerancias alimentarias, rasgos de personalidad, ancestría genética y rendimiento físico. El PRS combina muchas variantes comunes —cada una de efecto bajo, pero aditivo— y expresa un riesgo relativo respecto de la población general; sirve para estratificar mejor a quién conviene supervisar o en quién reforzar medidas preventivas.

Indicación: Bienestar y estratificación complementaria de riesgo, con interpretación profesional.

Secuenciación NGS de variantes frecuentes · cálculo de score de riesgo poligénico

El PRS expresa un riesgo relativo frente a la población general: no es un diagnóstico ni una certeza de que la enfermedad vaya a desarrollarse.

Combina el estudio genético de Rewell con el análisis del microbioma intestinal.

Es el programa que junta las dos miradas: las variantes genéticas heredadas, que no cambian a lo largo de la vida, y el microbioma, que sí se modifica con la dieta y los hábitos. Por eso requiere las dos muestras, sangre y materia fecal.

Indicación: Personas que consultan por información de bienestar y hábitos, con acompañamiento profesional.

Secuenciación NGS · componente genético y de microbioma

El componente de microbioma es exploratorio y no constituye un estudio de diagnóstico médico.

Evalúa variantes genéticas que influyen en cómo una persona responde a un medicamento.

El objetivo es triple: determinar si un fármaco puede ser eficaz en ese paciente, establecer la dosis óptima y anticipar posibles efectos secundarios. En oncología esto resulta especialmente relevante por el margen terapéutico estrecho de muchos tratamientos.

Indicación: Solicitud del médico tratante según el fármaco y la pregunta clínica.

Estudios farmacogenómicos según la determinación solicitada

El listado de determinaciones disponibles se confirma al solicitar el estudio. En ningún caso implica modificar un tratamiento por cuenta propia.